变应原激活免疫系统产生免疫反应，称免疫应答。如变应原进入淋巴管和血管，在淋巴结和脾脏激活B淋巴细胞，使之转变为产生抗体的浆细胞，在T淋巴细胞的调节和控制下，浆细胞形成的抗体，通过血循环达到全身，此种抗体称为循环性抗体，主要为IgG、IgM是为全身性免疫应答；如变应原仅作用于粘膜，不进入血管和淋巴管，主要激活粘膜中的B淋巴细胞，抗体在粘膜局部形成，并有相当数量的抗体穿透粘膜，在分泌物中出现，此种抗体称为分泌性抗体，主要为分泌性IgA，因其反应只在局部发生的变应原接触的部位，故称为局部免疫性应答。

近年研究发现，咽喉部位的局部疗法还可使粘膜中的嗜酸细胞和肥大细胞激活，这可能是免疫疗法作用于T淋巴细胞，使白介素的产生减少，γ-干扰素产生增多的缘故。